من مشاكل استئصال اللوزتين انه يصادف جفاف الحنجرة لمدة خمسة أيام تقريبا ، ومن الشائع حدوث ألم أذني منعكس ورائحة نفس كريهة. يشاهد نزيف بسيط، التهاب حنجرة بعد العمل الجراحي، واختلاطات تخديرية في أكثر من 10% من الحالات. نادراً ما يحدث نزف شديد أو اختلاطات مهددة للحياة. ويعتبر هذا سبباً آخر لوضع التشخيص بحذر ومراعاة الاستطباب الدقيق للاستئصال الجراحي.